Linuxのディレクトリ構成をVine Linuxを例にとり、調べました
Filesystem Hierarchy Standard（FHS）標準規格を元に少しアレンジされています
/ ルートディレクトリ
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├ /bin 一般ユーザー向けの基本コマンド
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├ /boot 起動に必要なファイル
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├ /dev デバイスファイル
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├ /etc 設定ファイル
｜ ├ /etc/opt/ optの設定ファイル
｜ ├ /etc/X11/ X Window System、 version11用の設定ファイル
｜ ├ /etc/sgml/ SGMLの設定ファイル
｜ └ /etc/xml/ XML の設定ファイル
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├ /home　ユーザーのホームディレクトリ
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├ /initrd　デバイスやファイルシステムの読み込みを初期的なRAM ディスクとして展開する場所です。
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├ /lib 共有ライブラリ
｜├ /mnt ファイルシステムの一時的なマウントポイント用ディレクトリ
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├ /lib64
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├ /lost+found　なんらかの理由で破損し、行き先不明となったファイルを格納する場所です。
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├ /media CD-ROMなどのリムーバブル媒体(media)のマウントポイント
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├ /misc　特にジャンル分けもしない、様々なファイルが置かれています。
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├ /mnt　CD-ROM やフロッピーディスク、他のOS のパーティションなどをマウントする場所です。
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├ /net オートマウント用マウントポイント
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├ /opt 実行時に書き換えられないアプリケーションソフトウェアパッケージ
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├ /proc カーネルやプロセスに関する情報をテキストで表示する仮想ファイルシステム
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├ /root root用ホームディレクトリ
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├ /sbin システム管理用コマンド
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├ /selinux Security-Enhanced Linux
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├ /srv システムに提供されたサイト固有のデータ
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├ /sys　デバイスの情報が入っているディレクトリ
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├ /tmp ファイルなどを一時的に保管するディレクトリ
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├ /usr プログラムやカーネルソース
｜ ├ /usr/bin/ /binと同じだが、基本的ではない
｜ ├ /usr/include/ 標準 includeファイル
｜ ├ /usr/lib/ /libと同類
｜ ├ /usr/sbin/ /sbinと同じだが、基本的ではない
｜ ├ /usr/share/ アーキテクチャに依存しない共有データ
｜ ├ /usr/src/ ソースコード（カーネルのソースコードとそのヘッダファイル）
｜ ├ /usr/X11R6/ X Window System, Version 11 Release 6
｜ └ /usr/local/ ホスト固有のローカルデータを格納する第三階層
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└ /var システムログなどの動的に変化するファイル
　 ├ /var/lock/ 使用中リソースを保持するファイル
　 ├ /var/log/ 各種ログファイル
　 ├ /var/mail/ ユーザーのメールボックス
　 ├ /var/run/ ブート以降の走行中システムに関する情報
　 ├ /var/spool/ 処理待ち状態のタスクのスプール
　 ├ /var/spool/mail/ 互換のために残された、かつてのユーザーのメールボックス
　 └ /var/tmp/ 一時ファイル置場 (マルチユーザーモードではこちらの使用が推奨される)

出典: Linuxのディレクトリ構造（一覧）を理解する( http://www.linuxmaster.jp/linux_skill/2010/02/06linux.html)
Vine Linux のディレクトリ構成
(http://www14.plala.or.jp/campus-note/vine_linux/system/directory.html)